这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
本作围绕着高中生的日常生活，讲述了在“炼金术”盛行的时代中，青年人们为了守护正义...
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波特比是一种机械生物，就像电子宠物一样。它能吃，能睡，会玩，甚至可以帮主人干活。刚升上国一的花小金井云雀从常出现在她梦里的王子葛林邦席泰克那里，得到了一只名为传助的波特比。一群神秘的人试图抢夺传助，云雀惊奇的发现，传助竟变身成强有力的电子斗士击退了敌人。云雀的朋友也收到了同样的波特比。她们一起，组成了——秋叶原电脑组。
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。
