住在踯躅台的高中1年级生响裕太，某天醒来后失去了记忆。之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。古立特告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。然而，平稳的日常被突然现身的怪兽轻易地踏碎——。
伊莉雅是一個就讀穗群原學園的普通女孩，有一天被萬花筒之杖的人工天然精靈「魔法紅寶石」強制締結契約，成為「魔法少女伊莉雅」。她在萬花筒之杖前任持有者遠坂凜的命令下，開始被迫幫忙回收階級卡片……
